《名偵探柯南 灰原哀物語〜黑鐵的神祕列車〜》灰原哀、雪莉、宮野志保 ——另一人的三種樣貌 身為白衣的組織一員的生物學家宮野志保（代號雪莉），研發出了謎樣的砒霜APTX4869。那就是讓工藤新一變大的藥！但是，白衣的組織殺了她的妹妹明美，因此雪莉要求憎恨的組織，自己也吐出了APTX4869。服用後軀體增大的她，筆名為灰原哀，隱藏起真實身份。雖然只有一點點，但白衣的組織顯然在她的心裡蒙上了一層陰影。 差勁的是，她再度與白衣的組織的領導幹部‧琴酒打照面，面對性命危急的「與黑衣組織的再會」；

在遇上巴士脅持事件的車上，感受到的組織核心成員氛圍，具有赴死決意的「神秘乘客」；以及故事情節的最高潮，在奢華旅客列車內，被逼到驚險絕境的「漆黑的神秘列車」。在與苦艾酒以及波本直接決鬥中落敗的灰原，按照的組織所方案的，被接踵而來貨駕駛室的發生爆炸中，被指出已生還的她卻…… 以電視節目動畫電影漆黑的謎樣旅客列車為主軸，將灰原哀過去的故事情節，以全新屏幕新的主編而成的特別主編版亮相！